
2019木造BIMツール使っててこんな状況になったってユーザーさん、いませんか?

慌てずに対処すれば大丈夫です。
まず、
断面ビューポートを右クリックし「断面表示のまま編集」(ver2018以降の機能です)をクリック

編集画面に入ったら、当該オブジェクトを右クリックから「2Dを編集」をクリック

次に、編集画面に入ったら当該オブジェクトの断面表記の直線を選択し、属性パレットを確認します。
すると、始点終点にマーカー(黒▶)が入っているので、そのボタンをクリックして外します。

すると消えています。

今回は土台と桁で、順序が後ろのオブジェクトは選択し辛かったりするので、ちょっと面倒な作業ですが、この手順でやってみて下さい。